背景設定
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故事在開端描述有一群超能力者一直在某孤島的特殊學校中接受訓練，以迎接未來的災厄——「人類之敵」。這些超能力者的能力各有不同，例如控制火焰、時空轉移、預知未來等等。然而，故事接著會揭露這只是政府的陰謀——所謂「人類之敵」並不存在，而且超能力者毫不知情。西元19XX年，世界上開始出現具有超能力的人類，仗著特殊能力為非作歹，導致社會制度崩解。這些人被視為「人類之敵」。歷經五年戰爭，無能力者取得勝利。因此，在百年之後，政府才會宣稱要培訓他們與所謂「人類之敵」戰鬥，以便合理地孤立超能力者。政府安排了沒有超能力的柊娜娜混入其中，來屠殺超能力者，以免無能力者再度受超能力者支配。
劇情大綱
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柊娜娜進入學校後，宣稱自己具有讀心能力，實際上她只是透過冷讀法和演繹推理判斷情況，藉此殺死可將其它超能力無效化的中島，以及其它超能力者。她還刻意讓自己受傷，並引導其他人認為這是「人類之敵」造成，順利讓自己被推舉為班長。雖然娜娜在島上順利執行任務，但其舉動漸漸遭到同為轉學生的小野寺懷疑。小野寺具有不老不死的能力。娜娜在無法殺死他的情況下，一面要阻止他繼續追查真相，一面要殺死其它超能力者。然而，娜娜獲同學之一的犬飼滿真情相待，得以走出了雙親被殺的童年陰影。她不但與犬飼萌生友情，還開始懷疑起自己的任務。
娜娜在島上遇見並非學生的橘仁。橘具有變身成他人並使用其超能力的能力。他與其他超能力者在五年前被送到島上後自相殘殺，橘仁是該次戰事中唯一的生還者。他變身成動物暗中觀察，因此對娜娜的所作所為瞭若指掌，並打算在得知她的動機後殺死她，為學弟妹復仇。島上開始出現其它殺人者，在追查過程中，犬飼為救娜娜而殞命，讓娜娜情緒低落。娜娜的長官鶴岡辰巳來到島上，利用犬飼的死迅速整頓心志散亂的學生，讓娜娜重新振作，再派出自己的學生真壁萌監視娜娜，之後便離開小島。橘調查鶴岡後推斷出娜娜的動機。娜娜因犬飼的死，決定順從自己的真心，追查真正的敵人。
眾人離開小島回到本土，鶴岡持續命令娜娜殺人。娜娜則提出交換條件，要鶴岡說出真相。鶴岡暗示自己便是娜娜雙親的兇手，讓娜娜背叛鶴岡。鶴岡找到實際上並未身亡的中島來接替娜娜的工作。中島的能力變得更強，可消除他人的認知能力，也能消除情緒進而控制人心。